Berdasarkan Surat Keputusan berikut Daftar Informasi Publik yang Dikecualikan, antara lain:
| No | Jenis Informasi |
| 1. | Dokumen dan Berita Acara Pemeriksaan Pegawai |
| 2. | Dokumen Proses dan Hasil Penjatuhan Hukuman Disiplin Pegawai |
| 3. | Dokumen Proposal Penelitian dan Pengabdian |
| 4. | Dokumen Penilaian (Review) Proposal Penelitian dan Pengabdian |
| 5. | Konfigurasi Data Center, Disaster Recovery Center, Database, Aplikasi, Software, Username, dan Password. |
| 6. | Informasi Sistem Keamanan, Meliputi Tahap Perencanaan, Pelaksanaan, dan Pengakhiran atau Evaluasi dalam Kaitan dengan Ancaman dari Gangguan Keamanan Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta. |
| 7. | Dokumen dan Data Hasil Penilaian dalam Proses Pemilihan Rektor, Dekan, Kepala Satuan Pengawas Internal, Ketua Lembaga, dan Kepala Unit di Lingkungan Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta |
| 8. | Berkas Pengajuan dan Hasil Penilaian Calon Pejabat yang Akan Menduduki Struktural/Eselon yang Pengisian Jabatannya Tidak Melalui Proses Pemilihan |
| 9. | Data Perencanaan Mutasi Tenaga Pendidik dan/atau Kependidikan |
| 10. | Informasi atau Data Identitas Pribadi Mitra Kerjasama |
| 11. | Informasi atau Identitas Data Pribadi Dosen, Tenaga Kependidikan, Mahasiswa/Peserta Didik, dan Alumni. |
| 12. | Hasil Evaluasi dan/atau Rekomendasi Terkait Kinerja Tenaga Pendidik dan/atau Tenaga Kependidikan |
| 13. | Data Rincian Gaji dan Tunjangan Tenaga Pendidik dan/atau Tenaga Kependidikan |
| 14. | Daftar Utang dan Piutang Tenaga Pendidik dan/atau Tenaga Kependidikan |
| 15. | Dokumen Seleksi Calon Mahasiswa Baru (Soal Tes, Jawaban Tes, dan Hasil Penilaian) |
| 16. | Seluruh Dokumen/Data/Informasi yang Menurut Sifatnya Rahasi/Konfidensial |