Setelah lebih dari 40 tahun menggunakan nama IAIN (Institut Agama Islam Negeri) Sunan Kalijaga dengan lima fakultas: Adab, Dakwah, Syari’ah, Tarbiyah, dan Ushuluddin, berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI no. 50 tahun 2004, nama IAIN berubah menjadi UIN (Universitas Islam Negeri) Sunan Kalijaga dengan tambahan dua fakultas baru: Fakultas Sains dan Teknologi dan Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora. Penyelenggaraannya dengan SK Direktur Jerderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj.II/206/2005 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Jenjang Strata Satu (S1) pada UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Transformasi dari IAIN ke UIN mensyaratkan adanya Fakultas Umum. Salah satu Fakultas Umum tersebut adalah Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora, yang pendiriannya berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor 206 Tahun 2005 tentang Izin Penyelenggaraan Program-program Studi jenjang Strata Satu (S1) pada Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta.  Akhirnya, pada tahun 2005 secara resmi diselenggarakanlah Program Studi Psikologi, Program Studi Sosiologi dan Program Studi Ilmu Komunikasi yang disatukan dalam satu fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora. Penetapan dan penyelenggaraan ini didasarkan atas Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor 206 Tahun 2005 tentang Izin Penyelenggaraan Program-program Studi jenjang Strata Satu (S1) pada Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta. Dokumen-dokumen Surat Keputusan tersebut dapat diakses pada link berikut:

SK Pendirian Fakultas, Prodi dan perubahan UIN
SK Izin Penyelenggaraan Program S1 di UIN